В комплекс Марфо-Мариинского женского монастыря входят Успенско-Николаевский собор, храм в честь Покрова Божией Матери и часовня во имя Новомучеников и исповедников Российских.
Успенско-Николаевский собор построили московские мастера в конце XVII – начале XVIII веков. Этот собор с элементами московского барокко – древнейший каменный храм Белгородской земли. Богослужения в нём проводили до 1933 года. После здесь располагалась тюрьма, а с 1943 – хлебозавод. Покровский храм, построенный в конце XVIII века, большевики использовали пересыльную тюрьму, а затем егоотдали под механические мастерские.
Храм Покрова Божией Матери возвратили церкви в 1991 году. В 1993 году было принято решение о восстановлении храма и открытии при нём женского монастыря. Его создали по уставу Марфо-Мариинской обители милосердия, которая была основана в Москве в 1909 году. Официально статус монастыря белгородская Марфо-Мариинская обитель получила в 1999 году.
Успенско-Николаевский собор передали церкви в 1998 и отреставрировали в 2005 году. Также на территории монастыря на месте расстрелов духовенства и мирян в годы гонений построена часовня в честь Новомучеников и исповедников Российских.