Первую церковь в селе Козинка Грайворонского района построили ещё в 80-е годы XVIII века. Она располагалась на левом берегу Ворсклы – на самом высоком утёсе, и называлась в честь Пресвятой Богородицы. Тогда это был центр посёлка, в наши дни на этом месте карьер.
Новый каменный храм начали строить в 1896 году. Поводом послужили свадьба и восхождение на престол императора Николая II. Некоторые местные жители в ту пору называли церковь Николаевской. Закончилось строительство в 1907 году, храм получил имя Иоанна Богослова. Так в селе появилось здание крестообразной формы с позолоченным иконостасом из дерева, трапезной и колокольней. В том же году открылась воскресная школа.
С 1928 по 1941 годы храм использовался как зернохранилище. В военное время постройка уцелела – не получила ни одного повреждения. А уже к 1997 году храмовый комплекс восстановили и освятили 9 октября, в день памяти святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.
Спустя 23 года, в 2020-м, в церкви снова провели восстановительные работы – на этот раз с использованием гранта, предоставленного Фондом президентских грантов.