Первую церковь в селе Подольхи Прохоровского района построили в середине XVII века, когда на юге России укреплялась Белгородская оборонительная черта. Она была деревянной и в XVIII веке ее заменили на кирпичную.
В конце XIX века церковь в Подольхах перестроили: на месте старой возвели большую и каменную. После революции ее закрыли, а иконы и утварь для сохранности забрали жители села. Здание служило колхозным зернохранилищем, а в 1951 году его разобрали на материал для строительства лесозаготовительной станции. Остатки церкви взорвали в 1955 году.
Новый храм в селе открыли в 2006 году. Это небольшое одноэтажное здание, выкрашенное в светло-голубой цвет. У главного входа установили крыльцо, увенчанное луковичной главкой. Она выполняет роль звонницы храма.
Недалеко от храма есть еще одно место, которое почитается у прихожан, часовня и купель у истока реки Северский Донец.